7.昭和60年代～平成
昭和62年5月31日、開園50周年記念の「なごやHAPPYフェア」が、入園者総数170万人の記録を残し、成功裏に72日間の幕を閉じた。
なごやHAPPYフェア委員会は記念事業の後に動物園に動物の「リハビリセンター」を記念施設として寄贈した。リハビリセンターは動物病院に隣接して建設され、動物たちの元気回復の場所として現在も利用されている。
平成になって
コアラの人気は衰えることなく、昭和から平成へと年号が変わった。平成元年に、名古屋市政100周年を記念して、東山に二つの記念施設が建設された。一つは、7月11日に開館した、防災無線中継基地を兼ね展望室とレストランを備えた地上134メートルの「東山スカイタワー」である。
もう一つは、10月28日開館した「自然動物館」である。自然動物館の完成によって、両生類、は虫類、夜行性小獣の展示が一気に充実し、「この館だけで一つの動物園だ」ともいわれたほど、東山が名実ともに「日本で有数の総合動物園」と呼ばれるに相応しい施設となった。
国際的にも動物園水族館における種の保存と環境教育が重視され、日本の主な動物園と水族館で構成する日本動物園水族館協会に種保存委員会が発足し、飼育下における希少動物の血統登録や動物園間の共同繁殖が盛んに行われるようになり、その優先的対象種も次第に増加していった。
動物会館では、それまでのレクチャーホールを改修し、ハイビジョン・シアターとしてハイビジョン上映施設を導入し、動物園の種の保存などをテーマにした東山オリジナル映像などの提供を開始した。
平成5年10月には「世界のメダカ館」が開館し、国内で見られることの少なくなったメダカなど希少淡水魚をテーマとしたユニークな水族館に変貌した。ニホンメダカの生態は、小学校の理科の教材にもなっていて、児童と教員の利用にも配慮されている。珍しい世界のメダカの仲間が展示され、館全体に親子の弾むような会話がよく聞かれる環境教育の拠点施設である。平成7年3月には「動物検疫施設」が動物病院に付随して建設され、東山として動物導入時の健康チェックが行われる体制が整った。
平成8年9月、コアラなどを通じて交流のあったオーストラリアのタロンガ動物園とウエスタンプレーン動物園との姉妹動物園提携が締結され、職員・技術の交流、希少動物の種の保存についての相互協力を約束した。これを受け、平成13年に東山からはインドサイのオス1頭を贈った。
平成9年3月、東山動植物園60周年記念に「生きいきフェスタ東山'97」を開催、記念施設として従来から手狭になっていた「こども動物園」が全面改築され、ふれあい広場の充実と小鳥とリスの森、ニホンザルの山、タヌキの里など、身近な日本産動物の展示が充実した。
